Will man ihn als Caching-Proxy initialisieren, so muß die Caching-Funktionalität mittels einer Caching-Anweisung ein- oder ausgeschaltet werden. Dazu muß das CacheRoot-Verzeichnis und die maximale Größe der Datenmenge, die in diesem Verzeichnis abgelegt wird, mittels einer CacheSize-Anweisung festgelegt werden. Wird diese Obergrenze an Daten in der CacheRoot überschritten, so kann der belegte Speicher immer wieder auf diese Mengenangabe angeglichen werden. In festgelegten Intervallen, die mittels einer Konfigurationsanweisung CacheInterval meistens in Stunden angegeben werden können, soll eine Überprüfung gestartet werden, nach der alle Daten, die über die festgelegte Speichergröße hinaus abgespeichert sind, gelöscht werden. Dieser Vorgang wird als Garbage Collection bezeichnet und wird gebraucht, um nicht den gesamten zur Verfügung stehenden Speicher zu überfüllen.
Wenn Caching-Proxies verwendet werden, um Dateien zu speichern und sie ohne neuen Zugriff auf den Original-Server den Benutzern zur Verfügung zu stellen, stellt sich die dringende Frage, ob die Daten noch aktuell sind, wenn sie den Benutzern übertragen werden. Darum kann mit Hilfe einiger Anweisungen festlegt werden, wann der Caching-Proxy Dateien als gültig beziehungsweise aktuell betrachtet, ohne einen erneuten Zugriff auf den Original-Server zu starten. Normalerweise legt ein Proxy anhand der HTTP-Header Expires und Last-Modified das Ablaufdatum einer Datei fest. Findet er keinen der beiden Header in der Antwort, so gibt er die erhaltene Datei nur an den Client weiter, ohne sie zwischenzuspeichern. Manche Proxies erlauben das Setzen einer CacheDefaultExpire-Variable, mit der die Zeit angegeben wird, die für Dateien angewendet wird, die entweder ohne die beiden HTTP-Header vom Server geschickt oder mit einem Protokoll übertragen werden, das keine Kennzeichnung einer Gültigkeitsdauer kennt. Die Anweisung CacheMaxExpire legt eine maximale Zeitgrenze fest, wie viele Stunden eine Datei als aktuell betrachtet werden soll. Nach Ablauf dieser Zeitspanne wird bei einem Zugriff auf die Datei ein erneuter Zugriff auf den Original-Server gestartet, davor wird die Kopie aus dem Proxy-Cache zurückgeliefert.
Außerdem kann mittels einer NoCache-Anweisung festgelegt werden, welche Dateien vom Caching-Proxy nicht zwischengespeichert werden sollen. Das ist vor allem für die Dateien sinnvoll, die aus der eigenen Domäne abgefragt werden. Ebenso ist der umgekehrte Fall sinnvoll, daß angegeben werden kann, aus welchen Domänen ausschließlich Dateien zwischengespeichert werden sollen.
Proxy-Server können auch verkettet werden, so daß entweder abhängig vom verwendeten Protokoll im Rahmen einer eingehenden Anfrage oder abhängig vom Host, an den die Anfrage gerichtet ist, die Anfragen an einen anderen Proxy-Server weitergeleitet werden. Beim Apache-Server kann mit Hilfe der ProxyRemote-Anweisung für jeden gewünschten Host ein Proxy angegeben werden, an den die Anfragen für diesen Host weitergeleitet werden. Die gleiche Anweisung gilt auch für sämtliche Protokollangaben, falls Anfragen abhängig vom benutzten Protokoll an andere Proxies weitergeleitet werden sollen. Die Vorteile von verketteten Proxies liegen darin, daß angeforderte Dokumente teilweise schneller geliefert werden dadurch, daß nicht auf die Original-Server zugegriffen wird oder auch der entfernte Verkehr über das weltweite Internet um einiges reduziert werden kann, falls viele Anfragen auf gleiche Seiten erfolgen, die schon im Cache liegen. Ein weiterer Vorteil entsteht daraus, daß Anfragen auf bestimmte Wege geroutet werden können, so daß dadurch je nach Bedarf z.B. ein kostengünstigerer oder schnellerer Weg gewählt werden kann.
Weitere Konfigurationsmöglichkeiten eines Proxy-Servers sind von jedem Server einzeln abhängig und können in den jeweiligen Dokumentationen eingesehen werden.